公司自治主要是股東利用公司章程來實現的，公司章程是股東自我設計治理空間的主要工具，所以公司章程自治是實現公司自治乃至私法自治的載體。
我國《公司法》的修訂帶來了一場“章程的革命”，把公司章程重新定位於公司自治的重要手段，允許公司及其股東張揚個性，對公司章程作出符合公司實際需要的個性化設計，還章程自治以本來面目。尤其是公司關於內部治理方面的意思自治得到重視，新《公司法》大大擴充了公司及其股東對公司章程的意思自治範圍，從股東表決權的行使、股東訴權的訴諸、股東資格的繼承，乃至董事、監事、高級管理人員股權轉讓的法律規定，對自治理念的追求處處可見。
一、公司章程自治的法學基礎：公司契約理論
公司契約理論認爲，公司是合同的產物，“一系列合同的聯結”、“一組明示和默示的交易組成的網絡或者稱爲合同的聯結體。公司法的作用應該不是強制股東和其他締約人，而是要爲他們達成各自的目的提供方便。而且公司法不應該將所有的公司統一爲單一模式的治理結構，因爲企業的參與者需要建立最有益於公司的結構模式。公司契約理論把公司治理看作契約，在本質上是參與人治和博弈的結果，只有在契約顯失公平時，法律才進行干預以保護實質的公平。
公司契約理論與公司的私法屬性相結合，它提供了一種私法的視角，將公司看作當事人合約的產物，爲反對國家不當干預提供了有力的證據。公司契約理論實際上認爲，公司法人是個人簽訂合約的產物，公司法的功能是承認和保護組成公司個人的利益和意思自治，這就爲公司章程自治找到了法學上的依據。
二、章程自治與公司自治的`關係
(一)公司自治是公司法賦予公司的一個本質特徵，是公司制度的生命之源。更重要的是，公司自治是實現科學治理結構的前提性條件，正如有學者所說：“如果企業不能真正獨立，企業對自己行爲的獨立責任就是一句空話，在此基礎上建立的法人治理結構就必然流於形式。”公司自治的主要依據有兩個：公司法與公司章程。法律就是公司法以及一些配套的法規、規章，它代表的是國家的意志;而章程是靠發起人和股東制定並通過的，他體現了發起人和股東的意志。因此，章程是實現公司自治的重要途徑。
(二)章程對公司自治的實現發揮着重要的作用。首先，從公司章程的作用來看，公司章程是公司的行爲準則，是公司實行內部管理的基本依據。其次，從公司章程的內容來看，公司章程規定了公司性質、經營範圍、組織機構、權利義務分配等，可以視爲公司內部“小憲法”，體現了當事人較強的合意性。再次，從公司章程的效力來看，章程雖然是由發起人制定，是發起人的一致意思表示，但並非單純是發起人之間的協議，它的效力及於公司本身、股東、經營者和其他相關利益主體。公司本身、股東乃至經營管理層都要受到章程的制約，要依照章程行事，當然也依照章程享有各項權利;同時，各項公司的組織機構也依照章程產生並依照章程運作。最後，公司章程自治法規的性質也說明了公司章程是實現公司自治的重要機制。
(三)章程自治以公司自治爲目的和最終指向。由於現代社會中威脅公司自治的主要力量來自國家權力，但只有以法律中的強制性規範作爲合法性基礎的國家權力纔有能力有效地干預公司自治。因此，衡量一國公司自治程度的指標就具體化爲該國公司制度法律中強制性規範的數量及其規範事項，也就是公司章程有效選出法律規範，即做出不同於法律給定模式的制度安排的能力，這一過程即爲章程自治。通過章程自治，股東可在制定公司章程時充分發表意見，從而制定富有個性的適合本公司發展的公司章程，從內部管理機制上排除政府的不當干預，實現公司治理的完善和資本運作的正規化，這些都爲公司自治的實現創造了條件，因此公司自治是章程自治的目的和最終指向。
三、《公司法》與公司章程自治的擴張：以“公司股東權益的章程自治”爲例
2005年10月27日修訂的《中華人民共和國公司法》是我國公司法律制度發展的一個重要里程碑，標誌着公司法律制度的完善進入了一個新的階段，在《公司法》中直接提到公司章程的條文就多達73處，在數量上充分體現了公司章程的重要地位;在內容上允許公司及其股東對公司章程做出個性化的設計，在涉及股東之間權利義務設置以及公司治理結構權利行使的具體程序上，賦予了公司章程相當大的自治權。下面就以“公司股東權益的章程自治”爲例，探討一下章程自治對股東權益的重大影響。
(一)股東表決權行使規則的章程自治。股東按出資比例行使表決權，體現了資本的本質，是世界各國的通行做法。但是，除了資本因素之外，有限責任公司股東之間往往具有相互信賴的關係，出資的多少並不代表股東對公司貢獻的多少，更不能代表股東對公司實際情況的熟悉與瞭解程度。因此，爲了尊重股東之間的信任關係和對公司內部事務的自治安排，《公司法》第四十三條規定：“股東會會議由股東按照出資比例行使表決權;但是，公司章程另有規定的除外。”這一“但是”的規定是一個飛躍，它跳出了以往“以資論權”的圈子，表決權這個抽象概念不再簡單具體爲出資比例了。只要股東們同意就可以在章程中規定：根據對公司經營發展影響、貢獻的大小來劃分表決權，代表三分之二以上表決權的股東可能實際上並不佔有三分之二以上的出資比例。這樣的規定體現了《公司法》的靈活性，給予公司章程以更大的自治權。
(二)股東收益權的章程自治。《公司法》第三十五條規定：“股東按照實繳的出資比例分取紅利;公司新增資本時，股東有權優先按照實繳的出資比例認繳出資。但是，全體股東約定不按照出資比例分取紅利或者不按照出資比例優先認繳出資的除外。”這裏的“全體股東約定”實際上是涵蓋了允許公司及其股東對公司章程做出個性化設計之意，從而進一步擴大了公司與股東的自治空間。第一百六十七條第四款對於股份公司的利潤分配也規定：“股份公司按照股東持有的股份比例分配，但股份有限公司章程規定不按持股比例分配的除外。”在市場經濟條件下，貨幣資本、實物資本、權利資本及各種經營資源，因其持有人(包括股東和公司)不同，其對公司的貢獻、對市場的貢獻各不相同。因此，對於“分紅權”、“優先認繳資本權”允許章程自治，體現了契約自由的原則，也更加符合市場經濟的規律。
(三)股東訴權的章程自治。《公司法》新增兩處條文規定了股東可以根據公司章程的約定，請求人民法院保護自身利益的權利。首先，第二十二條第二款規定：“股東會或者股東大會、董事會的會議召集程序、表決方式違反法律、行政法規或者公司章程，或者決議內容違反公司章程的，股東可以自決議做出之日起六十日內，請求人民法院撤銷。”根據本條規定，股東會、股東大會和董事會決議如果存在違反章程的瑕疵，無論是內容瑕疵還是程序瑕疵，股東均有權請求法院撤銷。其次，第一百五十三條規定：“董事、高級管理人員違反法律、行政法規或者公司章程的規定，損害股東利益的，股東可以向人民法院提起訴訟。”本條說明董事、高管違反公司章程造成股東利益損害的，股東可以依據章程獲得救濟，行使股東訴權，提起直接訴訟。以上條文表明，公司章程已經成爲股東起訴的重要依據，爲股東提起訴訟提供了理由。
四、章程自治的理論意義和價值
現代公司自治的實質，是以社會爲本位，法律合理干預下的以真正意義上的股東自治爲基礎的法人自治。而章程是股東意志的體現，是實現股東自治的重要工具，能夠通過一系列規則的制定，對股東權益加以固定化和明確化，對侵害股東利益的行爲規定責任承擔，維護股東的合法權益，尤其在中小股東利益的保護方面將發揮重要作用。
章程自治在促進資本運作的規範運行方面的影響也不容忽視。發展市場經濟，離不開合理、高效的公司資本制度。基於此，規制較爲寬鬆的公司資本制度更有利於公司實踐和市場經濟的發展，它要求公司法對某些公司資本規則不做硬性規定，而是將權利賦予公司章程，任由公司自身自由規範。股東的投資行爲和資本運作是複雜的過程，需要大量細緻的規則加以規制，章程自治可以在補充公司法規定的基礎上，結合實際商事運營需要，對公司資本規則加以細化規範，爲股東投資和公司資本運作提供具體的規範依據，以保證公司資本運轉的靈活、高效，促進市場經濟的良性運行。