會計電算化對傳統的會計理論和實務產生了重大影響，當然也會影響到爲達到有效的內部控制而採取的組織結構和業務程序，必然對傳統的審計產生很大的影響。所以，必須制定與新情況相適應的計算機審計準則，以利開展計算機審計工作。與此同時，計算機審計準則的制定和計算機審計的開展將會對會計電算化的發展產生積極的推動作用。
一、計算機審計是會計電算化的產物
會計電算化對審計的影響，大體表現在以下幾個方面：
1．對審計線索的影響。實施了會計電算化，審計線索會發生很大的變化，傳統的審計線索在電算化系統中中斷甚至消失。在手工會計系統中，從原始憑證到記賬憑證，由過賬到財務報表的編制，每一步都有文字記錄，都有經手人簽字，審計線索十分清楚。審計人員進行審計時，可以根據需要進行順查、逆查或抽查。但在會計電算化系統中，傳統的賬簿沒有了，絕大部分的文字記錄消失了，由存儲會計信息的磁盤和磁帶取而代之，因此，肉眼所見的線索減少。此外，從原始數據進入計算機，到財務報表的輸出，這中間的全部會計處理集中由計算機按程序指令自動完成，傳統的審計線索在這裏中斷甚至消失。傳統的查賬方法，對電算化的會計主體已不完全適用。爲了能夠有效地審計電算化的會計主體，在電算化會計系統的設計和開發時，必須注意審計的要求，使系統在處理時留下新的審計線索，以便審計人員在電算化條件下也能跟蹤審計線索，順利完成審計任務。
2．對審計內容的影響。在會計電算化的條件下，審計的經濟監督職能並沒有改變，但由於電算化的特點，審計的內容要發生相應的變化。在會計電算化信息系統中，由於會計事項由計算機按程序自動進行處理，諸如手工會計系統中因疏忽大意而引起的計算或過賬錯誤的機會大大減少了。但如果會計電算化系統的應用程序出錯或被人非法篡改，則計算機只會按給定的程序以同樣錯誤的方式處理有關的會計事項，錯誤的結果將是不堪設想的。會計電算化系統也可能被神不知鬼不覺地嵌入非法的.舞弊程序，不法分子可以利用這些舞弊程序大量吞沒企業的財物。系統的處理是否合法合規，是否安全可靠，都與計算機系統的處理和控制功能有關。這是在傳統的手工審計中所沒有的。因此在會計電算化條件下，審計人員要花費較多的時間和精力來了解和審查計算機系統的功能，以證實其處理的合法性、正確性、完整性和安全性。另外，當一個會計電算化系統已經完成並投入使用後，要對它進行改進，這比在系統設計和開發階段進行困難得多，代價也要昂貴得多。因此，除了要對投入使用後的電算化會計信息系統審計外，應提倡在電算化系統的設計和開發階段，審計人員要對系統進行事前和事中審計。
3．對審計技術方法的影響。實現會計電算化以後，會計電算化信息系統與傳統手工會計系統相比，在許多方面發生變化，必須採用新的審計技術方法才能適應這種變化。例如，傳統的記賬方法是每登記一筆賬，便可以從賬上看到相應一筆記錄，而電子計算機卻不能每登記一筆記錄就打印一筆記錄，供工作人員閱讀，一般是經過一個階段，於一個月或一句打印一次。平時，記錄輸入到計算機以後，在尚未打印以前，若想看這些記錄，只能憑藉機器閱讀，倘若想同時在幾筆記錄中對照查看，則很難做到。這樣一來，審查取證的方法，對證據進行檢驗和審覈的方法必須相應的改變。又如，傳統的手工記賬一般可以從字跡上辨認出登記人，從而明確責任，但是計算機只能提供統一模式的輸出資料。沒有記錄人的筆跡，無法從記錄上辨認登記人，這可以使在電算化的記錄中建立、更新、消除一切資料而不留半點痕跡，就需要審計人員對會計電算化部門的內部管理制度、職責的劃分情況進行審查和評價。
4．對審計作業手段的影響。在手工會計系統的情況下，審計人員進行審計，一般都是手工操作。但是，在會計電算化信息系統的情況下，審計人員如果仍用手工操作的方式來進行審計，是很難達到其審計目標的。因此，審計人員的作業手段也應由手工操作向電子計算機轉變，即審計人員應掌握電子計算機知識及其應用技術，把電子計算機當作一種提高審計質量和效率的有力工具來使用。
5．對審計人員的影響。實現會計電算化後，由於會計電算化信息系統的環境比手工會計系統更爲複雜，審計對象也更多更復雜，審計人員只依靠原有的知識和技能是無法勝任對會計電算化信息系統的審計工作的。因此，設計人員除了要具有豐富的財務會計、審計等方面的知識和技能，熟悉有關的政策、法令依據以及其它的審計依據外，還應掌握一定的電子計算機知識和應用技術。此外，在審計組織中，還應培養一批計算機審計的系統開發人員，從事設計和開發審計應用軟件的工作，建立自己的計算機審計系統。
6．對審計標準和準則的影響。各國的審計界在以往的審計工作中已經建立了一系列的審計標準和準則，如審計人員標準、現場作業標準、審計報告標準、職業道德規範等等。實現會計電算化以後，由於審計對象和審計線索發生了重大變化，審計的技術和手段也相應地發生了變化，顯然，應在原有的審計標準和準則的基礎上，建立一系列與新情況相適應的新的審計標準和準則，如計算機審計人員培訓會計電算化信息系統開發的審計準則、內部控制審計準則、審計應用軟件標準等。否則，無法適應新形勢的需要。
由此可見，會計電算化的應用必然影響審計工作。會計電算化給審計提出了許多新問題和新要求，傳統的手工審計已不能適應電算化的新情況和新要求。因此，開展計算機審計勢在必行。
二、計算機審計對會計電算化發展所起到的積極作用
由於我國大部分審計人員對計算機會計系統並不太熟悉，也沒有一套完整的計算機審計準則，大部分地區的審計工作仍停留在繞過計算機審計階段。因此，很多問題不易發現，計算機犯罪案件也有所增加，這種現狀妨礙了我國會計電算化事業的健康發展。計算機審計準則的制定和計算機審計的開展將會對會計電算化的發展產生積極的作用。其作用主要表現在以下三個方面：
1．保護會計電算化環境的安全性。計算機審計要根據計算機審計準則，通過各種有效的方法和程序，對會計電算化環境中的計算機硬件和財會軟件進行審計，即對其安全、可靠、穩定、合法、管理等方面進行審計。這樣一來，通過計算機審計可以揭露問題，爲被審計單位提出安全方面的建議，保證會計電算化環境的安全性。
2．保證會計電算化環境中會計數據的可靠性和真實性。計算機審計要根據計算機審計準則，通過各種有效的方法和程序，對會計電算化環境提供的數據是否正確、公正和安全進行審計。這樣一來，就可以有效地防止計算機輸入非法數據，篡改會計數據或破壞磁介質中的會計數據等舞弊犯罪行爲，提高會計電算化環境中會計數據的可靠性和真實性。
3．促使會計電算化中內部管理和控制制度的不斷完善。計算機審計要根據計算機審計準則，通過各種有效的方法和程序，包括對會計電算化環境中內部管理和控制制度進行研究和評價，指出內部管理和控制薄弱環節，提出改善意見，促使被審計單位加強會計電算化環境中內部管理和控制。