以財務科爲資金管理責任單位，建立健全管理制度，確保資金運行安全，全面集中收入，統籌安排資金，爲有效投放、合理消耗打下基礎。
要使資金的來源和運用得到有效配置，就要合理地進行資金分配，尤其是注意調整流動資金與固定資金的佔用比例。在進行固定資產的購置和更新時，應對項目進行充分論證，對投入產出進行分析評價，避免盲目購 置，造成資金浪費。要挖掘內部資金潛力，加速資金回籠，壓縮藥品、存貨資金的佔用。要建立資金管理責任制，加強內部財務制度建設，在財務收支上實施嚴格的財務監控制度，強化約束機制，合理調度資金，使資金運用產生最佳的效果。
嚴格按照批准的預算和計劃所規定的用途，建立健全必要的支出管理制度和措施，講求資金使用效果。嚴格執行國家規定的財政、財務制度和開支標準及開支範圍。各項資金的使用要劃清資金渠道，分別列支。購置大型、貴重醫療儀器設備和大型修繕，要事先進行可行性論證和專家評議，並提出兩個以上方案，報衛生主管部門審批後，專項安排支出預算。設備購置和醫院修繕時，由總務科和設備科按進度提出用款計劃，財務科審覈其是否納入年初預算計劃，未列入預算計劃的開支必須經醫院領導研究，在財務允許的情況下，重新追加預算支出指標，方能辦理支出。支付大額款項時，必須嚴格執行購銷合同和修建合同規定撥付比例，超過範圍和不按合同支付款項造成的損失，應由相關領導和財務科負責。
醫院根據批准的預算，分級歸口由有關職能部門負責，按有關制度規定及定額標準，實行指標控制。各項支出報銷憑證要由有關部門負責人簽署意見，以資證明。各職能科室預算內的開支，要事先提出使用計劃交由財會部門審覈後執行。涉及開支計劃調整，在預算範圍內的'由財會部門審批;超預算或計劃外開支，要由有關科室提出書面報告，交財會部門審覈後，由院長批准執行。
醫院的財務預算管理應適應市場經濟的變化，根據本單位的特點和市場信息，進行預算編制，考慮的因素應包括：宏觀因素，如國家的宏觀經濟調控，國家的發展目標，衛生行政部門關於結構調整的控制比例;微觀因素，即本單位上年度的收支情況，醫院的發展目標。在保證醫院正常運轉的基礎上，對影響醫院長遠發展的建設項目，重點學科，醫療新技術等重點給予傾斜。
建立定期分析檢查制度，在費用預算執行過程中，定期對預算執行情況進行檢查，對實際發生額與預算差異進行分析，找出原因，以便調整及進行重點控制，保證醫院預算與實際執行結果的一致。同時，將預算檢查結果與獎懲制度掛鉤。