這些居住在你體內的微生物可變成你的得力盟友，幫助你減少炎症和治療疾病。
以前，我們認爲所有的微生物都是敵人，一心想着用抗菌皁和抗生素消滅它們。在過去幾年，越來越明確的是人類對微生物的戰爭不僅徒勞無功，而且對健康有害。人的皮膚、鼻子、消化系統和陰道棲息着數萬億的單細胞生物體。隨着更加了解人體微生物組，我們愈加認識到這些居住在人體的微生物對健康的作用和人體細胞其實也一樣重要。
哈佛陳曾熙公共衛生學院生物統計學系計算生物學和生物信息學助理教授Curtis Huttenhower 博士稱：“瞭解健康人體有哪些正常存在的微生物有助於我們理解微生物數量的變化在疾病中起什麼作用。”Huttenhower 博士是參與國立衛生研究院人類微生物組計劃的科學家之一。人類微生物組計劃是全球行動的一部分，鑑別出至少600 種與人共生的細菌、真菌和酵母。目的在於區別人體不同部位的微生物有何區別，並且菌羣組成的變化與疾病形成有何關聯。
微生物如何影響健康
微生物的.活動在很大程度上與我們的人體細胞相似。它們攝取營養物質並分解，提供生長和複製所需的能量。在這個過程中，它們分泌一些由人體細胞吸收的分子。這些微生物產物可能有益也可能有害。例如，導致破傷風的細菌———破傷風梭菌，可分泌毒素，作用於神經細胞，發生強烈的肌肉收縮，造成牙關緊閉症。另一方面，攝取腸道飲食纖維的雙歧桿菌產生短鏈脂肪酸，刺激免疫細胞生長，控制炎症。陰道微生物乳酸菌以糖爲食，生成乳酸，抑制造成陰道感染的其他細菌。
爲什麼微生物多樣性如此重要
多樣性是微生物羣起有益作用的關鍵。更多樣的微生物不僅可生成更豐富的細菌產物供體細胞使用，還可以減少致病菌佔據的領地。這就是爲什麼現在對微生物的策略轉變爲維持人體微生物的健康平衡。研究人員正着手弄清楚這些健康的混合羣體爲何物。迄今爲止，研究已發現微生物菌羣有以下不同：
1.位於體表或體內。棲息在額頭、前臂和腳部皮膚上的微生物差異很大。相似地，消化系統口腔、食道、胃部、小腸和結腸的細菌種類也不是固定的。這是因爲各個部位的環境不同，也意味着靠着額頭油性分泌物瘋長的微生物可能與在腳趾甲下繁殖的微生物不同。
2.年齡。微生物種類隨着年紀增長而改變，這是因爲我們的細胞和組織生成的物質也隨着時間而變化。例如，絕經後雌激素的下降改變陰道內皮，使得乳酸桿菌更難粘附，因此這種細菌數量下降。
3.我們所在的地方。由於微生物遍地都是，並且可在人類、動物及植物之間穿梭，因此我們在哪生活以及與誰一起生活也有關係。農村居民身上寄居的微生物羣很可能與城市居民身上寄居的微生物羣不同。因此，遊客可能發生旅行性腹瀉，而當地居民吃同樣的食物喝同樣的水卻一點問題也沒有。人類微生物組計劃是全球性行動，這是因爲世界一個地方的健康微生物混合羣可能與另一個地方完全不同。通過全球性努力，或能確定地球上“正常的”微生物羣有何差異。
4.我們吃的東西。飲食極其重要，因爲大多數人體微生物居住在消化系統。實際上，它們吃我們所吃的東西。一些微生物靠蔬菜纖維爲生，而另一些藉着糖類繁衍。因此，改變我們的飲食對微生物混合羣有很大影響。
腸道反應食物通過兩種方式影響我們的健康。一種是通過食物含有的脂肪、碳水化合物、蛋白質和其他營養物質。另一種是通過小腸內分解食物的細菌。早期研究顯示含大量飽和脂肪的飲食增加厚壁菌門(一大類細菌)相對於擬桿菌門的比例。厚壁菌門相與擬桿菌門比值高與肥胖有關。如果我們吃太多加工食物，喜愛纖維的雙歧桿菌將減少，而該菌羣可降低炎症發生率。我們的腸道菌可能是理解爲什麼“西式飲食”未能很好爲我們服務的關鍵。比較腸道微生物羣體的研究發現傳統地中海或傳統中餐(二者均以植物爲主)飲食者比美式和歐式飲食者(飲食含有較多的紅肉、糖和其他精製碳水化合物，較少水果和蔬菜) 具有更豐富的腸道菌以及更高比例的有益菌。同樣，西方人肥胖、心血管疾病和結腸癌發病率更高。
如何助人體細菌一臂之力
隨着人類微生物組計劃的發現越來越多，必然對微生物的作用有新認識，並發現促進有益菌阻止有害菌的新方法。同時，以下健康建議依然有效：
1.地中海式飲食。你很可能見過一系列抗炎症食物，大概有水果、綠色葉子蔬菜、橄欖油、西紅柿和魚。這些均是地中海飲食的一部分。然而，如果你同時吃大量助長其他不友好微生物的糖、精製碳水化合物和紅肉，吃地中海式飲食的一種或甚至全部食物也未必能增長抗炎症的腸道菌。
2.良好的衛生習慣。這不是說要變成潔癖，或者狂抹抗菌皁。過度使用抗菌產品可破壞皮膚細菌平衡，促長抗生素耐受菌。但是，準備吃飯前以及上廁所後洗手是必要的。飯後刷牙和清潔牙齒也是防止腐爛菌侵害健康菌生物膜的好方法，有利於保護牙齒和牙齦。
3.不要灌洗。灌洗可破壞陰道乳酸桿菌，使陰道更容易被其他細菌或酵母感染。
4.僅在需要時服用抗生素。這些藥物並不會區別有益菌和有害菌，它們攻擊所有的細菌。消除感染的代價是犧牲大量有益菌。如果醫生讓你服用抗生素，則按照說明指示服用並完成用藥，儘管你可能感覺好一些，也不要擅自提前停藥。
使用細菌對抗疾病
越來越多的證據表明，有益菌的益生菌製品通過恢復微生物平衡有助於治療以下疾病。由於貨架上的益生菌種類繁多，如果你正考慮使用，可能需要請醫生幫忙推薦。
1. 腸道易激綜合症。已證明雙歧桿菌可減少腹脹、腹痛、腹瀉和其他症狀，而乳酸桿菌則不能。
2. 抗生素引起的腹瀉。含有布拉迪酵母菌、乳酸桿菌和雙歧桿菌的益生菌可防止或減少腹瀉。
3.艱難梭菌引起的腹瀉。這種難以控制的腹瀉可採用一種口服膠囊緩解，該膠囊含有冷凍乾燥的糞便，採集自腸道菌羣豐富多樣的健康人。臨牀試驗顯示該治療可治癒90%以上患者，但尚未被FDA 批准。